Если хотите короче (не обязательно быстрее...) — то через Советск.
Если не боитесь сделать некоторый крюк и посмотреть интересные места — то через Клайпеду — паром -Куршская коса. проход границ обычный.
А в чем проблема повторного въезда в Прибалтику? Виза однократная или мульти?
Zakirkh