там где заканчивается шенген, там и ставят штамп о выезде из него. если вы выезжаете из австрии, то получаете австрийский выездной штамп и с этого момента дни из шенгенской визы перестают вычитаться до въезда в него обратно. какие там дальше страны не шенгена вам будут (или не будут) штамповать паспорт (хорватия, черногория) — не важно (в смысле запаса дней по визе).
кстати, из австрии в ховатию нельзя выехать, у них нет общей границы, как и у хорватии с черногорией ;-)
Dvorkyn